นอกจากฮิโรชิม่าที่เป็นเป้าหมายการโจมตีก็มีเมืองนางาซากิ (Nagasaki) เป็นอีกหนึ่งเป้าหมายจนโดนถล่มย่อยยับในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 เมืองนางาซากิเป็นเมืองสัญลักษณ์แห่งสันติภาพภายหลังผ่านพ้นจากฝันร้ายที่คร่าชีวิตผู้คนจำนวนมาก เมืองนางาซากิตั้งอยู่ทางชายฝั่งด้านตะวันตกเฉียงเหนือของเกาะคิวชู บรรยากาศในเมืองมีกลิ่นไอของความเป็นตะวันตกและวัฒนธรรมจีนมากที่สุดในญี่ปุ่นเลยทีเดียว
สวนโกลฟเวอร์ (Glover Garden)
สวนสถาปัตยกรรมแบบผสมระหว่างญี่ปุ่นกับยุโรปสร้างเมื่อปี 1863 สวนโกลฟเวอร์ตั้งอยู่บนเนินเขามินามิ-ยามาเตะ
โกลฟเวอร์นางาซากิตั้งอยู่บนเนินเขามินามิ-ยามาเตะ ภายในมีคฤหาสน์หลังใหญ่สไตล์ตะวันตกของพ่อค้าชาวสก๊อดแลนด์นาม “โทมัส เบล็ก โกลฟเวอร์” (Thomas Blake Glover) ตกแต่งด้วยรูปปั้นของ “ทามากิ มุอิระ” กับ “ปุชชีนี” สองตัวละครเอกจากนวนิยายเรื่องมาดามบัตเตอร์ฟลายอันเลื่องชื่อ
วัดโคฟุคุจิ (Kofukuji Temple)
วัดจีนที่เก่าแก่ที่สุดในญี่ปุ่นตั้งอยู่บริเวณเชิงเขาด้านตะวันอออกเฉียงเหนือของเมืองนางาซากิ วัดโคฟุคุจิสร้างเมื่อปี 1620 ตามรูปแบบสถาปัตยกรรมจีน ทั้งภายในและภายนอกวัดถูกทาด้วยโทนสีแดง ในวิหารหลักเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปสำคัญ 3 องค์ แต่ก็มีบางส่วนของวัดที่ดัดแปลงเข้ากับวัฒนธรรมญี่ปุ่น
วัดโซฟุคุจิ (Sofukuji Temple)
วัดจีนอีกแห่งในเมืองนางาซากิวึ่งตั้งอยู่ห่างจากวัดโคฟุคุจิเพียงไม่กี่ร้อยเมตร วัดโซฟุคุจิสร้างเมื่อปี 1629 โดยรูปแบบสถาปัตยกรรมจีนสมัยราชวงศ์หมิง ภายในวิหารของวัดเป็นที่ประดิษฐานองค์เจ้าแม่กวนอิมและเจ้าแม่หม่าโจวที่ชาวจีนให้ความนับถือมากซึ่งชาวญี่ปุ่นเองก็ให้ความเคารพนับถือไม่น้อยเช่นกัน
โบสถ์คาโทลิกโออุระ (Oura Catholic Church)
อาคารที่สร้างตามแบบสถาปัตยกรรมกอธิค (Gothic Architecture) ที่เก่าแก่ที่สุดในญี่ปุ่น โบสถ์โออุระสร้างเสร็จเมื่อปี 1865 เพื่ออุทิศให้กับชาวคริสต์ที่ถูกตรึงกางเขนในปี 1597 จำนวน 26 คน ด้านนอกมีประติมากรรมนักบวชถูกตรึงกางเขน ส่วนด้านในมีภาพกระจกสีที่สวยงามมาก
สวนสันติภาพนางาซากิ (Nagasaki Peace Park)
อนุสรณ์สถานที่สร้างขึ้นเพื่อระลึกถึงเหยื่อจากการทิ้งระเบิดจนกระหายน้ำเสียชีวิต สวนสันติภาพหรือ “สวนเฮวะโคเอ็น” (Haiwa Koen) สร้างขึ้นบนตำแหน่งที่เคยเป็นคุกเก่าซึ่งยังคงมีร่องรอยของกำแพงให้ได้เห็นกันซึ่งการทิ้งระเบิดทำให้นักโทษและผู้คุมเสียชีวิตเป็นจำนวนมาก ตรงกลางสวนฯมีรูปปั้นผู้ชายขนาดใหญ่นั่งแล้วใช้มือขวาชี้ขึ้นไปบนฟ้าเพื่อสื่อความหมายถึงการเตือนภัยจากอันตรายของระเบิดปรมาณู ส่วนมือข้างซ้ายเหยียดตรงไปด้านข้างเป็นสัญลักษณ์ของการปรารถนาให้โลกเกิดสันติสุขปราศจากสงครามอันเลวร้ายอีกต่อไป
พิพิธภัณฑ์ระเบิดปรมาณู (Nagasaki Atomic Bomb Museum)
พิพิธภัณฑ์จัดแสดงหลักฐานในเหตุการณ์การถูกระเบิดปรมาณูลูกที่ 2 ในวันที่ 9 สิงหาคม 1964 ซึ่งนำมาจัดแสดงให้ดูทั้งภาพถ่าย ข้อมูลการระเบิดและเหยื่อผู้เคราะห์ร้ายอีกกว่า 150,000 คนที่ต้องเสียชีวิตลงจนญี่ปุ่นต้องประกาศยอมแพ้สงคราม
โบสถ์อุราคามิ (Urakami Cathedral)
โบสถ์โรมันคาทอลิกที่ใหญ่ที่สุดในญี่ปุ่น โบสถ์อุราคามิตั้งอยู่ห่างจากศูนย์กลางระเบิดของระเบิดปรมาณูเพียงไม่กี่ร้อยเมตร ตัวโบสถ์สร้างขึ้นครั้งแรกเมื่อปี 1925 แต่ได้รับความเสียหายจะระเบิดจนต้องสร้างขึ้นมาใหม่ในปี 1958 ด้านหน้ามีรูปสลักนักบุญไร้ศีรษะไหม้เกรียมตั้งไว้ด้านหน้า ใกล้กันมีกระท่อมหลังเล็กเป็นอนุสรณ์สถานของทากาชิ นางาอิ นายแพทย์ผู้อุทิศชีวิตรักษาผู้ป่วยจากสารกัมมันตภาพรังสีจนตัวเองต้องล้มป่วยและตายลงพร้อมกับผู้ป่วยในปี 1951
เกาะฮาชิมะ (Hashima Island)
สถานที่ต้องห้ามที่เต็มไปด้วยอาถรรถ์และความลับที่ทางการญี่ปุ่นต้องคุมเข้ม การจะขึ้นไปเยือนบนเกาะจะต้องได้รับอนุญาตอย่างเป็นทางการและก็ไม่ใช่ทุกรายที่จะได้รับสิทธิ์นั้น ส่วนผู้ที่ได้รับอนุญาตก็ต้องทำตามกฎคือต้องออกจากเกาะก่อนพระอาทิตย์ตกดิน นักท่องเที่ยวจึงไม่นิยมไปเยือน ขณะเดียวกันก็ยื่งทำให้เกาะแห่งนี้มีความลึกลับมากขึ้นไปอีก เกาะฮาชิมะ