วัดเบียวโดอินสร้างขึ้นครั้งแรกในปี 998 เพื่อใช้เป็นสถานที่พักของจิวาระ โนะ มิจินางะ (Fujiwara no Michinaga) ขุนนางในสมัยเฮอัน โครงสร้างของวัดจึงเป็นสถาปัตยกรรมเฮอัน จนเมื่อภายหลัง “ฟูจิวาระ โยริมิจิ” (Fujiwara no Yorimichi) บุตรชายของท่านได้เปลี่ยนจากบ้านพักให้กลายเป็นวัดอย่างที่เห็นในปัจจุบัน
อาคารหลักของวัดคือ “หอฟีนิกซ์” (Phoenix Hall) หอไม้ล้อมรอบด้วยสระน้ำอันเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปอมิตาภะและสมบัติของชาติ ตัวหอสร้างเสร็จในปี 1053 โดยหอฟีนิกซ์เป็นอาคารเพียงแห่งเดียวของวัดที่เหลือรอดจากไฟสงครามในช่วงทศวรรษ 1300 ซึ่งอาคารอื่นๆภายในวัดถูกเผาทำลายไปจนหมดแล้ว
หอฟีนิกซ์นั้นถูกสร้างขึ้นตามความเชื่อในเรื่องการเวียนว่ายตายเกิดของพุทธศาสนา โครงสร้างของหอประกอบด้วยห้องโถงตรงกลางขนาบข้างด้วยระเบียงสองข้างซ้ายขวาดูเหมือนกับนกที่กำลังสยายปีกเตรียมบินซึ่งถูกตกแต่งอย่างงดงามจนรัฐบาลญี่ปุ่นนำไปเป็นแบบพิมพ์ลงบนเหรียญ 10 เยนและในต่างประเทศก็มีการสร้างวัดเบียวโดอินจำลองขึ้นที่เกาะโออาสในมลรัฐฮาวาย