ปราสาทนิโจเริ่มสร้างขึ้นครั้งแรกในปี 1569 ตามบัญชาของโอดะ โนบุนางะ (Oda Nobunaga) แต่ยังไม่เสร็จ จนกระทั่งในปี 1603 โชกุนโทกุงาวะ อิเอยาสุ (Tokugawa Ieyasu) มีบัญชาให้สร้างต่อจนเสร็จเพื่อแสดงอำนาจทางการทหารของตนและใช้เป็นสถานที่ว่าราชการ โดยสั่งให้ขุนนางฝั่งตะวันตกทั้งหมดร่วมกันสร้าง
ปี 1867 หลังจากสิ้นระบอบโชกุนเข้าสู่สมัยปฏิรูปเมจิที่จักรพรรดิมามีอำนาจอีกครั้ง ปราสาทนิโจถูกใช้เป็นพระราชวังขององค์จักรพรรดิเพื่อใช้เป็นศูนย์กลางในการบริหารประเทศอยู่ชั่วเวลาหนึ่งก่อนจะส่งมอบให้เป็นสมบัติของเมืองเกียวโตและเปิดเป็นโบราณสถานให้ประชาชนเข้าชมได้
ภายในปราสาทมีอาคารสำคัญสองแห่งได้แก่ “พระราชวังนิโนมารุ” (Ninomaru Palace) สถาปัตยกรรมที่แสดงให้เห็นถึงความแตกตางของชนชั้นทางสังคม โดยสถานที่ต้อนรับแขกผู้มาเยือนจะถูกแบ่งอย่างชัดเจนระหว่างชนชั้นสูงและชนชั้นระดับล่าง
อาคารสำคัญอีกแห่งคือ “พระราชวังฮอนมารุ” (Honmaru Palace) หรือ “พระราชวังคาซึระ” (Katsura Palace) สถาปัตยกรรมแบบเอโดะมีอาณาเขตครอบคลุมพื้นที่กว่า 1,600 ตารางเมตร ภายในมีการจัดแสดงผลงานของจิตรกรที่มีชื่อเสียงในอดีตหลายท่าน
นอกจากนี้อาณาบริเวณปราสาทยังมีสวนและอุทยานอยู่หลายแห่งที่มีความงดงามลงตัวด้วยการจัดแต่งตามแบบสวนญี่ปุ่นโดยเฉพาะอุทยาน “นิโนมารุ” (Ninomaru) ที่มีสระน้ำขนาดใหญ่ และ “อุทยานเซริว” (Seiryu-En) สถานที่ต้อนรับแขกและจัดกิจกรรมทางวัฒนธรรม
