ศาลเจ้าฟูจิ เซ็นเก็นเป็นศาลเจ้าชินโตศักดิ์สิทธิ์ตั้งอยู่บริเวณเชิงเขาภูเขาไฟฟูจิทางด้านตะวันตกเฉียงใต้ ศาลเจ้าฟูจิเซ็นเก็นสร้างขึ้นครั้งแรกเมื่อกว่า 1,000 ปีที่แล้วเพื่อป้องกันการปะทุของภูเขาไฟตามความเชื่อของคนญี่ปุ่นในสมัยนั้นและในปี 2013 ศาลเจ้าแห่งนี้ก็ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกทางวัฒนธรรมในฐานะส่วนหนึ่งของภูเขาไฟฟูจิ
ในอดีตศาลเจ้าฟูจิเซ็นเก็นเป็นหนึ่งในศาลเจ้าที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของญี่ปุ่นโดยแบ่งออกเป็นศาลเจ้าชั้นนอกและชั้นใน ซุ้มประตูทางเข้าศาลเจ้าก็ถือเป็นประตูไม้ที่ใหญ่ที่สุดในญี่ปุ่น แต่อาคารที่เห็นในปัจจุบันนั้นสร้างขึ้นมาใหม่ราวปี 1600 ตามบัญชาของโทกุงาวะ อิเอยาสุ
ด้วยสภาพที่ตั้งที่เต็มไปด้วยแมกไม้ทำให้บรรยากาศโดยรอบศาลเจ้าค่อนข้างสดชื่นจนสัมผัสได้ถึงกลิ่นไอธรรมชาติอันบริสุทธิ์ ส่วนช่วงฤดูใบไม้ผลิก็ขอแนะนำให้มาชมความงามของซากุระในเทศกาลฮานามิที่ศาลเจ้าแห่งนี้ซึ่งรับรองว่าความสวยงามไม่เป็นสองรองจากที่อื่นแน่นอน